Хорошее замечание. Строго говоря, при температурном равновесии, тела в замкнутой системе излучают тепла столько же, сколько принимают. Результирующая равна нулю, поэтому я и сказал, что не излучают. Это неправильно.
Тогда имеем такую картину: потухшая свечка и термопара излучают друг на друга равное количество тепла.
Тепловое излучение стакана с азотом гораздо меньше излучения термопары. Термопара в этом случае принимает гораздо меньше тепла, чем излучает, соответственно, понижается её температура.
Профессор объясняет всё в первые секунды видео.
Есть значительное фоновое излучение от освещения, людей, стен и т.п. Вот его датчик и показывает. При добавлении свечи- уровень фона возрастает , сигнал идёт вверх, при перекрытии левого зеркала уровень сигнала несколько снижается, но из за горящей свечи падает не до "нуля".
При внесении холода, стакан перекрывает и исключает левое зеркало. Сигнал меньше нуля.
По хорошему надо было показать уровень сигнала с бумагой по середине. Причём лучше с чёрной бумагой, а не белой.
Пришлось повторить, что писал выше. 
Датчик, блин, остыл. И, да, стал излучать меньше. Конечно, это не вакуум и не полностью изолированная система, но она достаточно хорошо задумана, чтобы минимизировать прочие факторы. Фоновое излучение невозможно сфокусировать, а всё, что случайно сфокусировалось прекрасно блокируется листом бумаги, что также было продемонстирировано в видео. Обращаю, внимание, что датчик не начинал остывать, когда "всемогущее фоновое излучение" заслонялось листом бумаги, он продолжал находиться в равновесии со средой до момента, пока на него явно не перенаправили более холодные лучи, которые начали его охлаждать.