В 1993 году MAS получила новые дальнемагистральные лайнеры Boeing 747 и ввела регулярные рейсы в Буэнос-Айрес (Аргентина), став первой авиакомпанией Юго-Восточной Азии, открывшей постоянные маршруты в Южную Америку. С 1994 по 1998 годы MAS обслуживала регулярный маршрут из Куала-Лумпура в Мехико с промежуточной посадкой в Лос-Анджелесе.

Первый кризис
В период азиатского финансового кризиса в 1997 году авиакомпания понесла убытки на сумму более чем 260 миллионов малайзийских ринггитов, в то время как за предыдущий финансовый год показала рекордно высокую прибыль в размере 319 млн ринггитов. К 1998/1999 финансовому году убытки перевозчика достигли 700 млн ринггитов, но к следующему году размер убытков удалось сократить до 259 миллионов. Тем не менее, дальнейшие финансовые периоды снова были закрыты с увеличением отрицательного сальдо, достигшего 417 миллионов ринггитов в 2000/2001 году и 836 миллионов ринггитов в 2001/2002 финансовом году. Malaysia Airline System была вынуждена закрыть множество убыточных регулярных рейсов, включая маршруты в Брюссель, Дарвин, Гонолулу, Мадрид, Мюнхен и Ванкувер.

Авиакомпания оправилась от затяжного кризиса только к 2003 году, закрыв 2002/2003 финансовый год с прибылью в 461 миллион малайзийских ринггитов.

Второй кризис
В 2005 году Malaysia Airlines сообщила о чистом убытке за прошедший финансовый год в размере 1,3 млрд ринггитов. При этом выручка в отчётном периоде увеличилась на 10,3 % до 826,9 млн ринггитов, а количество перевезённых пассажиров выросло на 10,2 ca_ Выручка на международных линиях возросла на RM457,6 (+8,4 %) и составила RM5,9 млрд, в то время, как доход от грузовых перевозок снизился на RM64,1 млн (-4,2 %) до 1,5 млрд ринггитов. Расходы авиакомпании в отчётном периоде возросли на RM2,3 млрд (+28,8 %) до 10,3 млрд ринггитов, при этом основную долю роста расходов перевозчика составило существенное увеличение мировых цен на топливо[19].

Расходы на горючее в 2005 году увеличились на 40,4 % и составили 3,5 млрд ринггитов; на RM977,8 миллионов выросли затрата вследствие мирового роста цен и на RM157,6 миллионов — по причине увеличения числа выполняемых рейсов. В одном только третьем квартале отчётного года затраты на топливо составили 1,26 млрд ринггитов по сравнению с 1,01 млрд ринггитов в аналогичном периоде 2004 года.[19]

1 декабря 2005 года правительством Малайзии на должность генерального директора авиакомпании назначен Идрис Джал. Новый топ-менеджер определил ряд упущений и недостатков в деятельности перевозчика, приведших к почти к полуторамиллиардному убытку в 2004 финансовом году. В их число вошли низкая загруженность самолётов на регулярных рейсах и, как следствие, низкая доходность по показателю перевезённых пассажиров на километр дистанции, рост цен на топливо, увеличение расходов на ремонт и техническое обслуживание воздушных судов, рост зарплат персонала авиакомпании, а также крайне низкая эффективность её маршрутной сети регулярных перевозок. В 2006 году под руководством Идриса Джала Malaysia Airlines приступила к реализации антикризисной программы, осуществлявшейся по согласованию и при общей координации правительственных структур[19].

Другим немаловажным фактором убытков авиакомпании стал большом объём расходов по эксплуатации её воздушного флота и наземной инфраструктуры. Malaysia Airlines существенным образом отставала в развитии от своих прямых конкурентов как по причине более слабого экономического положения городов (в сравнении, например, с Сингапуром), так и вследствие неэффективного ценообразования, управления доходами и расходами, слабой рекламной кампании по продвижению торговой марки авиаперевозчика на внешних рынках и отсутствия партнёрских соглашений с другими авиакомпаниями мира[20]. В 2004 году Malaysia Airlines имела один из самых низких в мире показателей расходов на персонал, рассчитываемый исходя из объёма пассажирских перевозок на километр дистанции. Данный показатель MAS составлял 0,41 долларов США в то время, как у Cathay Pacific и Singapore Airlines тот же коэффициент составлял 0,59 и 0,60 долларов США соответственно[20]. Однако, несмотря на низкий уровень расходов на персонал, отношение дохода (в миллионах пассажирокилометров) к общим затратам в Malaysia Airlines составил всего 2,8 единиц, в то время, как в Singapore Airlines тот же коэффициент был равен 5,0[20].

Выход из кризиса
Реализация антикризисной программы привела к существенному снижению расходов Malaysia Airlines и выводу финансовой деятельности авиакомпании в прибыль в период между 2006 и 2007 финансовыми годами. К моменту завершения антикризисного плана в 2007 году в отчёте перевозчика был зафиксирован рекордный уровень прибыли в 851 млн ринггитов (265 млн долларов США), который превысил плановый показатель программы на 300 млн ринггитов или на 184 %[21].

Авиакомпания провела полную реструктуризацию собственной маршрутной сети, уменьшив число регулярных пассажирских рейсов внутри страны со 114 до 22 маршрутов, а также отменила заведомо убыточные международные рейсы такие, как Куала-Лумпур — Манчестер (точка безубыточности на котором достигалась в том случае, если пассажирские салоны были бы заполнены на 140 процентов). Кроме этого, авиакомпания полностью перестроила модель стыковок рейсов, развернула в крупнейших аэропортах главные транзитные узлы (хабы) и передвинула по суточному времени регулярные рейсы таким образом, чтобы вся маршрутная сеть работала по принципу подвоза и развоза пассажиров в крупные хабы для стыковок с магистральными рейсами из тех же аэропортов.

Образовавшийся избыток наличных денежных средств в размере 5,3 млрд ринггит Malaysia Airlines направила на приобретение 55 новых узкофюзеляжных и 55 широкофюзеляжных самолётов[22].