Неизвестно даже точно, когда он родился: согласно большинству источников, это произошло недалеко от Кандагара в период 1955-1962 годов, плюс-минус четыре года в каждую сторону. Официальная биография на сайте «Талибана» гласит, что произошло это в 1960 году в деревне Чах-и-Химмат. Мухаммед Омар — пуштун, то есть представитель этнического большинства в Афганистане. Он принадлежит к одному из крупнейших племенных объединений пуштунов — гильзаям, но родился в бедной семье, без влиятельных родственников, и рано остался без отца. Омара воспитал дядя, преподаватель сельского медресе.

Когда в Афганистан вошли советские войска, Мухаммед как раз учился в медресе. Юноша без колебаний присоединился к войне с неверными, вступив в отряд моджахедов. Он быстро заслужил славу хорошего стрелка и гранатометчика, предпочитал РПГ-7, которым владел в совершенстве. За время войны Мухаммед был ранен четырежды, причем последнее ранение оказалось самым серьезным: шрапнель лишила будущего лидера талибов глаза. По легенде, он сам себе сделал операцию, удалив шрапнель ножом. Впрочем, по словам свидетелей, врачебную помощь ему оказали пакистанские врачи в одном из госпиталей.

С одним глазом воевать было сложно, и Омар пошел другим путем — обратился к религии. Он посещал медресе, стал муллой в деревне неподалеку от Кандагара, выучил арабский. Религиозное образование продолжил в Пакистане — в Кветте и Карачи, где впервые встретился с Усамой бен Ладеном.
После того как советские войска вышли из Афганистана, режим Наджибуллы продержался всего три года. Страна погрузилась в хаос: разные группировки моджахедов сражались за власть. Мулла вернулся в Афганистан и основал собственное медресе. По легенде, в начале 1994 года во сне ему явился сам пророк Мухаммед и сказал: «Без твоей помощи мне не обойтись. Ты обязан покончить с беспорядком в стране, и Аллах тебе поможет». Проснувшись, Омар не стал терять времени. Он собрал вокруг себя своих учеников и принялся наводить порядок. Движение получило название «Талибан» — так на пушту именовали учащихся медресе. Все больше студентов и беженцев из пакистанских лагерей стекались под белое знамя муллы из-под Кандагара.

Омар объявил войну коррупции, хаосу и разврату. Особенную неприязнь у него вызывало такое явление как «бача-бази» — разновидность детской проституции, когда мальчиков переодевают в женское платье и продают для сексуальных утех. В охваченном раздорами Афганистане полевые командиры творили что хотели: грабили крестьян, похищали и насиловали несовершеннолетних, выращивали наркотики. «Талибан» быстро приобрел славу борцов за справедливость: самых одиозных полевых командиров талибы просто вешали на дулах танков, а похищенных мальчиков и девочек освобождали и возвращали в семьи.

Несмотря на бывший высокий статус Омара как фактического главы Афганистана и его особое положение в списке разыскиваемых террористов, о нём имеется очень мало достоверной информации. Сведения о внешности Омара (кроме того, что отсутствует правый глаз) противоречивы: не существует ни одного фотоснимка или официального портрета, которые бы идентифицировали его как личность (есть лишь крайне смутный снимок). Сам он никогда лично не встречался с журналистами и не давал прямых интервью. Крайне редкие аудиообращения муллы либо появлялись в Интернете, либо присылались в международные агентства новостей по факсу. Немногочисленные очевидцы, которым удалось воочию увидеть Омара, говорят, что лидер талибов производил внушительное впечатление: статный человек ростом выше среднего, с обезображенным лицом и длинной густой смоляной бородой; голову венчает чёрный тюрбан. Одеваться религиозный лидер предпочитал в традиционную для пуштунов одежду.

В июле 2015 года смерть Мухаммада Омара впервые подтвердили спецслужбы Афганистана, сообщив, что он умер в 2013 г. Неназванный высокопоставленный член движения «Талибан» сообщил пакистанской газете, что Мухаммад Омар умер от туберкулёза
30 июля 2015 года террористическая группировка «Талибан» подтвердила смерть своего лидера